プレイするハード（GBCかGBA）により、イベントが追加されたり、異なるパーツを入手することができる。
舞台は田舎の村である「すすたけ村」となり、今までの近未来的な雰囲気とは異なるノスタルジックな雰囲気が特徴。
前作でイッキ編が完結したこともあってか、BGMも一新された。
登場するメダロット（パーツ）の特徴として、メダルとモチーフの同じ（対応する）メダロットが必ず存在しており、メダルの分岐進化によるメダルの種類の増加から、過去作品と比べてその数も非常に多い。
システムやシナリオ、キャラクター等、基本的な部分はおおむね高評価だが、メダリンクで賞品が受け取れなくなるバグや、入手不可能なメダルやパーツ、進入不可能のフィールド等、開発途中で発売されたかのような未完成な部分が多く、ファンの間で惜しまれている。
メダロットG
発売日/2002年7月19日
定価/5040円（税込）
初動売上/19,090本
総売上/46,358本
米国売上/27,864本（カブト）、21,980本（クワガタ）
他国ではMedabots AX: Metabee Version、Medabots AX: Rokusho Versionとして発売している。販売元はen:Natsumeで、発売日は2002年6月27日 情報源。つまり、アメリカの方が早く発売していたことになる。なお、海外版と日本版では主人公、マップ、ストーリーが違うが戦闘等の基本システムは同じ。戦闘については2Dアクション形式となっている。
メダロット・navi
発売日/2001年9月7日
定価/6090円（税込）
初動売上/25,802本
総売上/39,613本
米国売上/126,178本（カブト）、117,799本（クワガタ）
従来の「メダロット」の世界をやや離れた作品。ほるまりんではなく藤岡建機が人物?機体デザインを行ったためか、他のシリーズ作品とは毛色が異なる。
宇宙テーマパーク「クラスター」に隔離されてしまった主人公とその友人らが、地球への帰還方法を探し出すというストーリー。従来よりシリアスな設定・ストーリーに合わせて、主人公達も中学生として設定されている。
パーツにティンペットを収めるという設定もあり、シリーズの大概のメダロットは人型のシルエットを維持しているが、今作では人型を大きく逸脱したりメダロットが多数登場する。
戦闘は9×9マスのグリッド上で5対5で戦うSLG方式で、今まで同様時間制限がある。そのため従来のシリーズと比べ戦闘時間が長くなったが、他のSLGと比較すると時間は格段に短い。また、戦闘はターン制で進行するのも大きな違いである。基本的には各チームのリーダーから行動するが、脚部パーツの｢推進｣が高いものから行動できるため（ただし、メダチェンジして｢推進｣の値が変わっても行動順は変わらないバグあり）、｢飛行｣タイプなど推進の極端に高いものはリーダーより先に行動できる。パーツの｢充填｣｢放熱｣の値はターン始めにチャージされる｢AP｣の消費量として表現される。主人公の機体は基本的に一体のみの参加（二体目以降は予め設定した行動ローテーションに沿って行動）で、仲間と共に戦う。仲間のパーツは変更できないが、主役級キャラの機体はストーリーの進行度に応じて段階的に強化できるよう工夫されていた。とはいえ純正メダロットを操ることがメインとなるため、使いこなすのにより戦略を必要とする分、やはりパーツ交換の魅力は犠牲となっている。メダフォース・メダチェンジシステムも採用されている。戦闘はほぼイベントによるものなので、自由な戦闘が可能となるクリア後まで育成は困難。また後半の敵やクリア後の隠しキャラクターと戦う機会は限られており、パーツの収集は至難な上、一部のパーツは正規の方法では入手できず、パーツのコンプリートは不可能である。
舞台が隔離された宇宙空間であるにも関わらず（とは言ってもクリア後なのでクラスターは地球の軌道上にあり彼らはゲストとして招待されていることになっている）、クリア後にはファンサービスとしてイッキやりんたろうといった他メディアのキャラクターたちも登場、仲間に加わる。彼らの登場のため同じ世界であると思われるが『メダロット3』に登場した月面都市ランデブーなどが存在するかは不明。なお「メダロット」シリーズは各メディアが独自ストーリーを持っているのが特徴だが、漫画『メダロット・ナビ』だけはこのゲームに密着した作品となっており、ゲームのプロローグとエピローグが交錯する。前者の主役はゲームと同じくカスミ、後者の主役はメダロットであるクワガタバイザンである。しかしメタビー（ゲームにおけるグランビートル）との出会いが前倒しになっている等、ゲーム版とは異なる面もある。何よりゲーム版でのシナリオにあたるクラスターでの出来事が悲壮感もって語られており、挿入される『星の王子様』の引用と相まって叙情的雰囲気を持つ作品となっている。
メダロット・ナビのゲームクリア後に手に入るパスワードを集めて専用ハガキでイマジニアに送ると、抽選5名にホビージャパン2001年9月号 (No.387) に掲載されたグランビートルとソニックスタッグの完成品フィギュアがプレゼントされた。
メダロット R
『メダロットR』PS
発売日/1999年11月25日
定価/6090円（税込）
『メダロットR パーツコレクション』PS
発売日/2000年3月16日
定価/3129円（税込）
プレイステーション・ポケットステーション対応の作品で、主人公はイッキ。しかしキャラクターグラフィックを担当しているのはアニメのスタッフでもほるまりんでもなく、藤岡建機である。
バトルシーンが全面3Dとなっていたが、システム的にはGB版『2』と同等。バージョン並列販売とはならず、Rが本編、パーツコレクションが補完的役割を果たした。またパスワードを利用して「2」からパーツを送ることも可能で、そうしないと入手できないメダロットも存在する。Rだけではバニーハートが手に入らないものの、アニメ版の世界大会決勝を再現できるのはこの作品だけである。
画面ローディングが並々ならぬ遅さであることでも知られている。加えて一部パーツのダメージバランスが完全に崩壊しているという批判もある。
メダロットデザインはまるかたが担当している。今作に登場するメダロットには、重機やバイクといった子供に人気のあるモチーフや、メイドロボや魔法少女と言ったいわゆる萌えキャラを意識したようなものが多い。
メダロットBRAVE
発売日/2003年11月28日（アメリカでは2003年12月14日en:Natsume、ヨーロッパでは2004年9月24日fr:Ubisoft）
定価/7140円（税込）
米国売上/16,795本
CMについて
放送枠は2003年10月6日 - 2004年3月8日まで毎週月曜日午後6時27分00秒から30秒（直前のアニメの後提供直後）
アニメの動画の有無で2種類（アニメの動画はメダロット第14話より）×15秒バージョンと30秒バージョン×最後の発売告知が「11月28日発売!」と「好評発売中」の2種類で合計8種類ある。
ゲームキューブ対応のアクションRPG。GB版4が「イッキ編最終章」と謳われていただけに、パッケージを見て驚いたファンも少なくなかった。バージョン並立とはならず、クワガタ型機体はライバル?辛口コウジの愛機として登場する。
アクションゲームとしては難易度はそれほど高くなく、フルポリゴンで動きもスムーズ。全作品の中で唯一戦闘で自分で動かせるため一番メダロットらしさが出ているともいえる。
ただしゲーム中にはバグが多数存在し（フリーズする、ゲームの進行が止まるなど）、メモリーカードの修正をサポートしてもらわないと完全クリアはできないため、パーツのコンプリートも難しい（ほぼ不可能）。非常に稀だが、バグとして完全クリアできてしまうこともある（このゲームは完全クリアできないゲームであり、完全クリアできてしまうことがバグ）。
完全クリア後のお楽しみ要素としてGBAリンク機能により、「メダロットnavi（カブトver.クワガタver.）」「メダロットG（カブトver.クワガタver.）」「メダロット弐CORE（カブトver.クワガタver.）」と連動させることでレアパーツを入手することが出来る。
真型メダロット
発売日/2004年12月16日
定価/5040円（税込）
機体デザインや登場キャラクターのデザインを北沢直樹が担当しており、グラフィックは旧来のシリーズとは全く別の路線である。シナリオは1をベースとしたリメイクとなっている。キャラクターに関しては全てが一新されており、主人公はガンマというかなり口が悪い少年である。インターフェイス、システム、パーツのステータスの数値は『CORE』のものを流用している。音楽についても同様で、旧来のものとは異なり一新されている。
真型以前のメダロットシリーズに慣れ親しんできたファンにはかなり抵抗があった上に、同じシリーズだと気付かれなかったりもした。これは、メダロットシリーズに尽力してきたスタッフの殆どがナツメに移動した後のイマジニアの作品だったからだと思われる。
メダロット カードロボトル
発売日/2000年3月10日
定価/4179円（税込）
オフィシャルカードゲーム「メダロット」をGB用ソフトにしたもの。フィールド自体は『メダロット2』のもの。
ゲーム中のキャラクターや地名などの他に本編とのリンク性はないが、『メダロット2』中でレアパーツを入手するためのパスワードなどが随所に隠されている。
マリゴール ユーロシ 法則 プロキオ パティ フェンリル ロボコン プラン とうみ ドロン デザイナー ひかわ ウンギョー クロスバー デリシ 宿儺南瓜 フロアマ バナバ ぶどう ハツユ ァサード パイ セミダブル ミコロン スキャンダル ピザク トライアル ギンリ ビコル カデット ブレーン エイド ヒート フロアス エーエスピ シュリン くわい サイト冬瓜 紀州 レーシ うたしない ベジス ブック ノベル ジャル ワイフ ニュー フリ モラテオ はっとう
漫画
ほるまりん作品
藤岡建機作品
詳細はメダロッターりんたろうを参照
これら二作品のシリーズは共にコミックボンボン誌上で連載されたが、設定がアニメ版やゲーム版と異なる部分がある。また両作はゲームと同じく基本的には同一の世界観を有しており、『メダロッターりんたろう』のキャラクターがほるまりんの『メダロット』の中に登場したり、逆に『メダロット』のキャラクターが『メダロッターりんたろう』に登場することもあった。